Usualmente utilizo la herramienta que viene por defecto (Aplicaciones > Accesorios > Analizador de uso de disco)
Pero existen maneras más precisas de encontrar los directorios y archivos que utilizan más espacio:
Encontrar los directorios más grandes
du -kx | egrep -v "./.+/" | sort -n
Encontrar los archivos más grandes en tu carpeta personal
find ~ -type f -exec ls -s {} ; | sort -n
Encontrar los diez archivos más grandes (se demora un rato, pero es el más útil)
find . -type f -exec ls -s {} ; | sort -nr | head -10
Bonus track
para encontrar algún proceso corriendo que no haya sido ejecutado por ti
ps aux --sort=-%cpu | grep -m 11 -v `whoami`
Excelente post, tips del submundo, viva la consola! a diferencia tuya, uso xfce en vez de gnome.